23 resultados para genômica funcional

em Lume - Repositório Digital da Universidade Federal do Rio Grande do Sul


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O genoma das células eucarióticas é um dos principais alvos para danos induzidos por inúmeros fatores ambientes, sejam estes de origem biótica ou abiótica. Considerando a complexidade da molécula de DNA, não é supreendente que existam diferentes tipos de lesões com os mais variados graus de severidade. Dentre todas as lesões que podem ser induzidas no DNA, as pontes intercadeias (ICLs) estão entre as mais graves. Se não forem reparadas, a presença de apenas um ICL pode ser letal para a célula. Além disso, as lesões do tipo ICLs são quimicamente heterogêneas, podendo modificar a estrutura do DNA de forma permanente ou temporária. Os mecanismos relacionados à reparação de ICLs ainda são pouco conhecidos em eucariotos. Apesar de várias proteínas terem sido descritas como essenciais ao processo, não há um modelo único que explique esta reparação. Contudo, dentre as diferentes proteínas que participam na reparação de ICLs, destacam-se as nucleases Pso2/Snm1. A forma de atuação das proteínas Pso2/Snm1 não é conhecida, mas inúmeros dados obtidos com mutantes de Saccharomyces cerevisiae e, recentemente, com células de mamífero, mostram que a ausência de Pso2p/Snm1p bloqueia a restituição do DNA de alta massa molecular. Por outro lado, tem sido mostrado que o Pso2p/Snm1p provavelmente atua na manutenção da cromatina, mas de uma forma ainda não completamente esclarecida. Uma das proteínas pertencentes à família Pso2p/Snm1p, Ártemis, possui um papel importante no desenvolvimento do sistema imunológico adaptativo de metazoários e parece ser essencial para outros processos relacionados ao metabolismo de DNA eucariótico. Desta maneira, este trabalho teve como objetivo principal o estudo da família Pso2p/Snm1p por meio da análise filogenética e de seqüências, comparando-a com proteínas homólogas já descritas em outros organismos. Além disso, esta comparação XVII permitiu estabelecer uma correlação funcional entre as proteínas em termos de reparação de DNA e manutenção da cromatina eucariótica. As análises de filogenia e de seqüências claramente demonstraram que as proteínas Pso2/Snm1 podem ser agrupadas em quatro grupos principais ao invés de três, ao contrário do que se conhecia previamente. Três destes grupos, por sua vez, são formados por subgrupos específicos, que possivelmente atuam de forma diferenciada na reparação de DNA, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica. Por outro lado, os estudos das seqüências Pso2/Snm1, baseados principalmente na técnica de análises de agrupamentos hidrofóbicos (HCA), revelaram um alto grau de similaridade de estruturas primárias e secundárias entre os diferentes grupos, um indicativo da importância estrutural para a função destas proteínas no metabolismo de DNA. A técnica de HCA permitiu mapear regiões conservadas (CRs) em todas as seqüências estudadas, compondo o chamado domínio Pso2p/Snm1p. Em alguns casos, o domínio Pso2p/Snm1p encontra-se fusionado a outros domínios catalíticos. Neste caso, destaca-se o estudo de uma nova família de DNA ligases dependentes de ATP que são exclusivas de plantas. Esta nova família, denominada de Lig6p, parece ter funções importantes no metabolismo do DNA de plantas, sendo esta a primeira DNA ligase eucariótica com função nucleásica identificada. Usando os dados obtidos neste trabalho em conjunto com os resultados de outros autores, é sugerido um possível modo de atuação das proteínas Pso2p/Snm1p na reparação de danos do tipo ICL, na manutenção da cromatina e na geração de diversidade biológica.

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Realizou-se um estudo transversal de aplicação de três escalas americanas diagnósticas do funcionamento familiar (FACES III, Beavers-Timberlawn e GARF) em trinta e uma famílias, examinadas na clínica, visando sua validação, em nosso meio, em relação ao padrão-ouro da avaliação clínica, feita através de entrevista familiar semi-estruturada. Também estudou-se o comportamento da escala auto-respondida FACES III em cento e duas famílias da comunidade. Os resultados em relaçõa ao FACES III mostraram uma correlação linear positiva, mas baixa, entre a coesão familiar e risco para doença mental. Não apareceu correlação estatisticamente significativa em relação à adaptabilidade. Os achados confirmam os resultados publicados recentemente na literatura de que o FACES III é um instrumento que não traduz o modelo circumplexo de funcionamento familiar de Olson. As escalas Beavers-Timberlawn e GARF tiveram como resultado correlação positiva e alta com a avaliação clínica, demonstrando grande utilidade na formulação e classificação do diagnóstico do funcionamento familiar.

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O objetivo do presente estudo foi comparar as relações torque-ângulo (T-A) e torque-velocidade (T-V) de bailarinas clássicas (n=14) e atletas de voleibol (n=22). O torque máximo (Tmax) da musculatura flexora plantar (FP) do tornozelo foi avaliada durante contrações isométricas voluntárias máximas nos ângulos de -10°, 0°, 10°, 20°, 30°, 40° e 50° de FP, e durante contrações isocinéticas voluntárias máximas nas velocidades angulares de 60°/s, 120°/s, 180°/s, 240°/s, 300°/s, 360°/s e 420°/s. Além do Tmax, o torque produzido nos ângulos articulares de -10° (T-10°), 10° (T10°) e 30° (T30°) também foi avaliado nas mesmas velocidades angulares. A ativação elétrica dos músculos gastrocnêmio medial (GM) e sóleo (SOL) direitos de cada indivíduo foi monitorada com eletrodos de eletromiografia (EMG) de superfície em configuração bipolar. Uma relação linear foi observada entre o Tmax e o aumento dos ângulos de FP nas atletas de voleibol Um deslocamento dessa relação em direção a maiores ângulos de FP (menores comprimentos musculares) ocorreu no grupo das bailarinas, com o aparecimento de um platô em menores ângulos de FP (maiores comprimentos musculares). Durante as contrações isocinéticas, uma relação hiperbólica foi observada entre o Tmax, T-10° e T10° com o aumento da velocidade angular nos dois grupos. Entretanto, em T30° as atletas de voleibol produziram valores superiores de torque nas velocidades angulares mais elevadas. Os valores root mean square (RMS) dos músculos GM e SOL foram mais elevados nas bailarinas que nas atletas de voleibol, tanto nas contrações isométricas quanto nas isocinéticas. Uma diminuição na ativação do GM e do SOL ocorreu com a diminuição da FP nas atletas de voleibol, enquanto os valores RMS se mantiveram estáveis para as bailarinas ao longo de todos os ângulos testados. Os resultados apresentados nesse estudo suportam a hipótese de que a atividade física sistemática provoca alteração nas propriedades intrínsecas musculares e ativação muscular, modificando assim, as relações T-A e T-V.

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O alelo mutante termo-condicionalmente letal pso4-1 do gene PRP19, que codifica uma proteína associada ao spliceossoma, permitiu investigar a influência deste gene no processamento de pré-mRNA, reparação do DNA e esporulação. Fenótipos relacionados a genes portadores de introns foram correlacionados à temperatura. Sistemas repórteres para processamento de pré-mRNA e RT-PCR mostraram que eficiência de processamento de mRNA no mutante pso4-1 é inversamente correlacionada com a temperatura de crescimento. Uma mutação pontual, substituindo uma leucina por uma serina foi identificada dentro da região codificadora N-terminal do alelo Pso4-1 e afeta as propriedades bioquímicas de Pso4-1p. Entre 24 clones isolados utilizando o sistema doishíbridos, 7 foram identificados como partes dos genes RAD2, RLF2 e DBR1. RAD2 codifica uma endonuclease indispensável para a via reparação por excisão de nucleotídeos (NER), RLF2 codifica a subunidade maior do fator de montagem da cromatina I, cuja deleção resulta em sinsibilidade à radiação UVC, enquanto que DBR1 codifica uma enzima que atua sobre substratos de RNA na forma lariat, degradando estruturas lariat em introns durante o processamento de mRNA. A caracterização dos fenótipos após tratamentos com mutágenos em linhagens mutantes simples e duplos de rad2∆, rlf2∆ e pso4-1 mostraram sensibilidade aumentada para para mutantes rad2∆/pso4-1 e rlf2∆/pso4-1, sugerindo uma interferência funcional destas proteínas no processo dereparação do DNA em Saccharomyces cerevisiae. O mecanismo exato de reparação de pontes inter-cadeia (ICL) em S. cerevisiae não é ainda totalmente conhecido. Identificando novos fenótipos e isolando proteínas potencialmente capazes de interagir com Pso2p através da técnica do sistema dois-híbridos, foi possível extender a caracterização deste gene específica para reparação de pontes intercadeia. Tratamentos com acetaldeído (ACA), um metabólito natural da via glicolítica, foi mais tóxico a linhagem mutante pso2 em comparação com a linhagem selvagem e também capaz de induzir a expressão da fusão contendo o promotor de PSO2 à lacZ (PSO2-lacZ) por um fator comparável à tratamentos com outros agentes indutores de ICLs, indicando que o metabólito natural ACA pode causar danos do tipo ICL em S. cerevisiae. A utilização do sistema dois-híbridos permitiu isolar partes de proteínas codificadas por nove diferentes genes, entre eles a proteína quinase Pak1p, um supressor de mutações termosensíveis da DNA Polimerase alfa. Pak1p interage com a extremidade C-terminal conservada de Pso2p, uma região da proteína recentemente nomeada β-CASP entre v ortólogos conhecidos do gene PSO2. A integridade do domínio β-CASP é essencial para a reparaçãode DNA proficiente como demonstrado em ensaios de complementação com mutantes pso2 ∆. Comparação da sobrevivência após tratamento com agentes mutagênicos de simples mutantes pso2 ∆ e pak1 ∆ assim com o dulpo mutante pso2 ∆/pak1 ∆ revelaram que o gene PAK1 é necessário para reparação do DNA proficiente como na linhagem selvagem. A interação epistática dos dois alelos mutantes na linhagem duplo mutante sugere que Pak1p atua na mesma via de reparação a qual PSO2 pertence e que PAK1 constitui um novo locus envolvido na reparação do DNA em S. cerevisiae.

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O processo de regeneração neural do modelo experimental em nervo mediano foi estudado em 34 ratos da raça Wistar, os quais foram submetidos à micro-neurorrafia término-terminal, sendo analisada a força de preensão do membro anterior e realizada a biópsia para análise morfométrica dos pós-operatórios 10° (8 ratos), 20° (5), 30° (5), 45° (8) e grupo controle não operado (8). Foi aferida a força negativa de preensão com o membro anterior e morfometricamente analisadas a contagem do número de fibras mielinizadas, seu diâmetro, períme-tro e área bem como espessura da bainha de mielina. O teste paramétrico de análise de variância foi utilizado para avaliação do número de fibras, diâmetro, perímetro e área bem como para as comparações de força e espessura da bainha de mielina entre os diferentes grupos. Uma média de 16,62 g (10°); 45,80 g (20°); 91,20 g (30°) e 106,75 g (45°) demonstrou haver um aumento progres-sivo da força de preensão em cada grupo paralelamente à evolução no tempo (p < 0,05), exceto entre o 45° e grupo controle com média de 116,25 g, o que denota regeneração com resultados similares à normalidade no final do período considerado. Não foram detectadas fibras regeneradas no coto distal do 10o dia pós-operatório e a totalidade das fibras mielinizadas presentes foi desconsiderada por apresentar sinais degenerativos. Embora sem significância, o número de fibras aumentou progressivamente até o 30° dia, reduzindo-se no 45°. Quanto à espessura, diâmetro, perímetro e área, verificou-se diminuição sig-nificativa no 20o dia e progressivo aumento nos grupos posteriores. Embora a força e o número de fibras tenham apresentado correlação fortemente negativa pelo coeficiente de Spearman (r = − 0,87) no grupo controle, não foi possível obter correlação entre os dados morfométricos e teste funcional nos demais gru-pos. Conclui-se que o modelo experimental do nervo mediano é válido para o estudo evolutivo da regeneração neural, no período considerado de 45 dias pós-operatórios, porém os dados morfométricos apenas refletem a evolução morfológica e cronológica do processo de regeneração do modelo experimental, não apresentando correlação direta com a função.

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Este estudo interdisciplinar se baseia na teoria dos sistemas desenvolvida pelo sociólogo alemão Niklas Luhmann (1927-1998). Analisa-se a literatura alemã por volta de 1800 dentro de uma concepção histórica que vê neste período o ponto culminante da transformação de uma sociedade estratificada em direção a uma ordem social moderna, estruturada por sistemas diferenciados como educação, economia, direito e literatura que realizam uma determinada função e se caracterizam por suas comunicações específicas. A poética da literatura romântica como fase constitutiva da literatura alemã moderna reflete este processo. Ela descreve sua autonomia, a diferenciação de um campo próprio, inicialmente através da negação de uma finalidade. Em seguida recorre ao gênio, o indivíduo excepcional, como garantia de uma arte livre de normas estéticas e coações sociais. Posteriormente abstrai destas justificativas externas ou individuais e formula tautologicamente seu campo para, no final, marcá-lo pela definição da qualidade de seus textos. Na semântica da época, formula-se esta qualidade no conceito da “ironia”, enquanto a teoria dos sistemas usa conceitos como observação de segunda ordem ou oscilação entre o atual e potencial. Paralelamente, o sistema da literatura diferenciado e autônomo torna-se um campo a ser observado por seu ambiente. A historia literária do século XIX o instrumentaliza por fins políticos, enquanto direitos autorais e o livro como mercadoria de possível lucro lhe atribui uma dinâmica acelerada. Encontra-se na figura do autor uma instância onde se cruzam as diversas observações de sistemas como direito, economia e ciências humanas.

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O crescimento da população idosa é um fenômeno mundial. Os profissionais da Odontologia enfrentarão um novo desafio, uma vez que a condição de saúde bucal dos idosos é precária. Investigar os fatores relacionados à saúde bucal permitirá intervir no processo saúde-doença de forma mais eficaz. A higiene bucal é um fator local primordial na saúde bucal de todos os indivíduos. Em virtude do processo de envelhecimento ser agravado por certas condições predisponentes, os idosos tendem a perder a capacidade funcional para as atividades diárias. Sendo a higiene bucal uma atividade diária, acredita-se que também é afetada pela capacidade funcional. Desta forma, o presente estudo procurou avaliar, em pessoas idosas, a relação entre higiene bucal e capacidade funcional, principalmente no que tange a função manual. Índices de placa para dentes e próteses, uma escala de atividades da vida diária, teste de conhecimento, teste cognitivo e testes de função manual foram aplicados, em um grupo de idosos institucionalizados de Porto Alegre. A associação com o padrão de higiene bucal foi avaliada através de estudo de correlação e pela comparação de médias através do Teste t de Student Associações significativas foram observadas entre a escala de atividades da vida diária, função manual, estado cognitivo e conhecimento com medidas de higiene bucal. O presente estudo procurou contribuir para o melhor entendimento do processo saúde-doença no idoso, ao suscitar possíveis ligações e determinações até então pouco exploradas. Desta forma, será possível aprimorar as ferramentas de diagnóstico, buscando adequar planos de tratamento às reais necessidades de cada indivíduo, o que proporcionaria melhor qualidade de vida aos idosos.

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O conhecimento dos riscos e conseqüências da lesão pulmonar induzida pela ventilação mecânica mudou a filosofia da terapia respiratória e tem influenciado nas recomendações e padronizações de seu uso. A influência dos diferentes modos ventilatórios não tem sido estudada em transplante de pulmão. O presente estudo teve como objetivo comparar a influência da ventilação controlada a volume (VCV) com a ventilação controlada a pressão (PCV) no desempenho funcional dos enxertos pulmonares, em modelo canino de transplante pulmonar unilateral utilizando-se doadores após três horas de parada cardiocirculatória. Quinze cães foram randomizados em dois grupos: oito cães foram alocados para o Grupo VCV e sete cães para o Grupo PCV. Cinco cães não completaram o período de avaliação pós-transplante, os dez animais restantes, grupo VCV (n= 5) e grupo PCV (n=5), foram avaliados durante 360 min após o término do transplante pulmonar. O desempenho funcional dos enxertos foi estudado através da avaliação da mecânica respiratória, trocas gasosas e das alterações histopatológicas. Não foram encontradas diferenças significativas em nenhuma das variáveis da mecânica respiratória estudadas (pressões de pico inspiratória- PPI; pressões de platô- PPLAT ; pressões médias de vias aéreas – Pmédia; complacências dinâmica- Cdyn e estática- Cst); da oxigenação, pressão parcial de oxigênio no sangue arterial e venoso misto (PaO2, PvO2); a diferença entre a saturação da hemoglobina no sangue arterial e no sangue venoso misto (ΔSO2); a pressão parcial de dióxido de carbono no sangue arterial e no sangue venoso misto (PaCO2, PvO2). As alterações histopatológicas encontradas nos pulmões dos animais foram compatíveis com o padrão de lesão pulmonar aguda. As alterações histológicas de padrão inespecífico não tiveram nenhuma correlação com o modo ventilatório. Este estudo demonstra que os modos ventilatórios estudados não influenciam as respostas dos enxertos pulmonares à lesão de isquemia reperfusão que se estabelece precocemente neste modelo experimental até 6 horas de reperfusão pulmonar pós-transplante unilateral.

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Nas últimas décadas a operação de parte das rodovias brasileira foi transferida à iniciativa privada através de concessões. Seguindo tendências mundiais, o governo federal e os governos estaduais criaram as agências reguladoras, responsáveis pelo controle das concessões. Neste contexto, ganha importância a utilização de instrumentos que avaliem as condições gerais dos elementos físicos e dos serviços, essenciais ao desempenho das funções sociais e econômicas das rodovias. O objetivo desta dissertação é o desenvolvimento e aplicação de um modelo de avaliação de rodovias concedidas por parte de técnicos. A consulta ao estado da arte e da prática em avaliação rodoviária, a procedimentos de monitoração previstos em contratos de concessão e ao plano de fiscalização da Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT) concorreram para a definição de um modelo teórico de avaliação técnica e subjetiva. Este modelo baseia-se em uma estrutura de itens que representam os vários elementos físicos e de serviços de uma concessão. Tal estrutura permite monitorar, de forma dinâmica, a qualidade rodoviária a partir dos seguintes níveis de agregação: itens, constructos (agrupamento de itens), trechos e concessão como um todo. A definição dos itens de avaliação, de suas ponderações (importâncias relativas) e de seus critérios de avaliação foi conduzida através da realização de grupos focados junto a técnicos de rodovias. Para a definição dos itens utilizou-se ainda a literatura como fonte de informação. A ponderação dos itens baseou-se na aplicação do Método de Análise Hierárquica em grupos focados. A aplicação do modelo de avaliação ocorreu através de dois estudos de caso: concessão 1 e concessão 2. Em relação à ponderação dos itens de avaliação, destacam-se itens dos constructos pavimento e sinalização, que representam aproximadamente 27% da importância da nota de uma concessão, cada. O item relacionado a panelas e buracos apresenta uma importância de aproximadamente 10% da nota. A análise da condição e da importância dos itens permitiu verificar os constructos mais críticos das concessões. A concessão 1 apresenta, como críticos, os constructos pavimento; sinalização; vegetação, limpeza, drenagem e visibilidade; e serviços prestados pela concessionária. A concessão 2 apresenta, como críticos, os constructos pavimento; acostamentos, refúgios e encostas; pontes, viadutos e túneis; sinalização; vegetação, limpeza, drenagem e visibilidade.

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Introdução: Pacientes com insuficiência cardíaca (IC) apresentam redução de força e resistência dos músculos inspiratórios. Objetivo: Avaliar os efeitos do treinamento muscular inspiratório sobre a capacidade funcional, oscilação da ventilação, e sobre a qualidade de vida na IC. Pacientes e Métodos: Foram selecionados 33 pacientes com IC, que apresentavam fraqueza da musculatura inspiratória. Os pacientes foram randomizados para participarem de um programa de treinamento muscular inspiratório (TMI) de 12 semanas, 7 sessões por semana de trinta minutos por sessão, com incremento semanal de 30% PImáx, com Threshold Inspiratory Muscle Trainer (grupo TMI, n=17) e um grupo controle (n=16), que realizaram o mesmo programa de treinamento, porém sem carga resistiva. Antes e após o TMI, foram avaliadas a força e a resistência da musculatura inspiratória, a capacidade funcional, a oscilação da ventilação durante o teste cardiopulmonar (TCP), e a qualidade de vida. Resultados: No grupo TMI houve aumento da PImáx (60,9±1,8 vs 129,6±2,8 cmH2O, ANOVA: p<0,001); da resistência, de 56,9±3 % para 65,5±2,9 %, (ANOVA: p<0,001); da distância percorrida no teste de caminhada, de 449,1±17,4 m para 550±17,2 m, (ANOVA: p<0,001) e no consumo de oxigênio no pico de exercício, de 17,2±0,5 para 20,6±0,7 ml/kg.min, (ANOVA: p<0,001). A oscilação da ventilação foi reduzida de 0,07±0,005 para 0,03±0,006 (ANOVA: p<0,001). Houve também melhora na qualidade de vida. Não houve alteração no grupo controle. Conclusão: O treinamento muscular inspiratório tem impacto sobre a musculatura ventilatória, melhorando a capacidade funcional em pacientes com insuficiência cardíaca.

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Este trabalho tem como objetivo estudar e avaliar técnicas para a aceleração de algoritmos de análise de timing funcional (FTA - Functional Timing Analysis) baseados em geração automática de testes (ATPG – Automatic Test Generation). Para tanto, são abordados três algoritmos conhecidos : algoritmo-D, o PODEM e o FAN. Após a análise dos algoritmos e o estudo de algumas técnicas de aceleração, é proposto o algoritmo DETA (Delay Enumeration-Based Timing Analysis) que determina o atraso crítico de circuitos que contêm portas complexas. O DETA está definido como um algoritmo baseado em ATPG com sensibilização concorrente de caminhos. Na implementação do algoritmo, foi possível validar o modelo de computação de atrasos para circuitos que contêm portas complexas utilizando a abordagem de macro-expansão implícita. Além disso, alguns resultados parciais demonstram que, para alguns circuitos, o DETA apresenta uma pequena dependência do número de entradas quando comparado com a dependência no procedimento de simulação. Desta forma, é possível evitar uma pesquisa extensa antes de se encontrar o teste e assim, obter sucesso na aplicação de métodos para aceleração do algoritmo.